股权转让个人所得税申报表的填写流程如下：

使用“自然人税收管理系统扣缴客户端”，选择左侧菜单栏“分类所得申报”，然后在右侧界面中选择“财产转让所得”。

进入“财产转让所得”申报界面后点击添加。

填写股权转让相关申报信息。被扣缴的纳税人基本信息之前应当已经完成了自然人信息采集并通过信息验证，如未完成的话不能在基本信息中选择纳税人信息；表中，所得项目栏次必须选择“股权转让所得”。

完成股权转让相关申报信息填写后，选择附表填写，并填写《个人股东股权转让信息表》。

完成如实填写《个人股东股权转让信息表》，如是通过被投资企业申报的，请在股权转让个人所得税申报类型栏次选择“被投资企业申报的”，填写附表时务必确保所有必填项目数据真实准确。完成《个人股东股权转让信息表》填写后，扣缴单位按照正常程序发送报表并完成扣缴税款的缴纳。

需要注意的是，如果股权转让涉及到公司全部股权转让，那么申报表需要填写双方的基本信息、股权交易信息和股权过户信息等，以及公司章程、股东会决议等相关材料。如果是部分股权转让，则需要填写双方买卖股权的基本信息、交易的股权数量及占比、股权交易价格、过户信息等内容。