用杯子盖熄灭短蜡烛的原理涉及到几个物理过程。当杯子盖住蜡烛时，以下几个因素共同作用使火焰熄灭：

1. 冷却效应：杯子盖住蜡烛后，限制了氧气的进入。空气中的氧气是蜡烛燃烧所需的，缺乏氧气会导致蜡烛的火焰熄灭。此外，杯子也可以阻止热气从火焰中散失，从而降低了火焰的温度。

2. 燃料限制：杯子盖住蜡烛后，蜡烛的燃料（蜡）和氧气的接触面积变小。这会限制蜡烛可燃部分的燃烧，进而导致火焰熄灭。

3. 减压效应：杯子盖住蜡烛后，会在杯子内部形成一定程度的真空。这种真空效应会导致蜡烛周围的气压降低，从而使蜡烛的火焰熄灭。

综上所述，用杯子盖灭短蜡烛的原理主要包括冷却效应、燃料限制和减压效应。这些因素共同作用，使蜡烛的火焰无法持续燃烧，最终熄灭。