农村邻里建房协议书是否需要公证，需要视情况而定。
如果双方自愿签订且内容不违反法律法规规定、不侵犯国家集体或者他人合法权益，那么这份协议是合法有效的。公证处会对协议的形式和内容等具体情况进行审查，只有符合要求的才会予以公证，建议带上相关材料亲自到公证处询问，可以得到最为准确的答复。
公证并不是建房协议的必要条件，房屋过户，产权变更才是房产的必要条件，房屋只有过户了才能发生物权的变更。
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农村邻居院墙占地，可以采取以下解决方法：
1、协商解决：可以尝试与邻居沟通，看是否可以通过协商达成共识并解决此问题。
2、法律途径：当协商无法解决时，可以考虑通过法律途径解决。可以向当地乡镇派出所或法律援助中心咨询相关法律规定并寻求帮助。
3、房产证办理：如果该墙实际上属于自己的房产，需要在办理房产证时注明该墙占地情况，并先解决妥善处理后再办理。
4、拆除或按比例赔偿：如果确实判定邻居的墙占用了自己的土地，可以要求对方要么拆除或者进行赔偿。
以上是一些常见的解决方法，建议在解决该问题时注意维护个人合法权益同时，也要尽量减少对邻里关系的影响。