发菜属于水生植物，常生长在河流、湖泊等水域，因此可能会沾染一些杂质和细菌。为了保证食品的卫生安全，建议将发菜先用清水冲洗一遍，去除表面的泥沙和杂质，然后用凉水泡发片刻，使其软化后再进行烹饪。这样处理后的发菜口感更佳，吃起来也更放心。
破坏环境严重导致。
在宁夏和临近的甘肃省已有上百万英亩土地因采集发菜而受到破坏。在北部的内蒙古境内约有3300万英亩土地被破坏。 采集发菜会造成如此严重破坏的原因是，发菜只生长在易沙化的地区，而且它的卷须常与能固定土壤的植被根茎缠绕在一起。人们不是一根根地拔发菜，而是把视线内的一切植物连根拔起，稍后再加以分类。这样造成了土地松软，当风力加强时，沙土就随风飞扬形成沙尘暴。 专家称，由于发菜小而稀少，所以采集1磅发菜就会使4英亩草地受到破坏。
要
在温水中加入少量食用油。
将发菜放入温水中浸泡1-2小时，使发菜上的脏物慢慢松软、脱落。
浸泡之后将发菜轻轻揉搓，使其松散。
最后再用清水漂洗干净即可。
在清洗过程中，不要多放食用油，以免影响发菜的口感和品质。同时，发菜不宜长时间浸泡，以免影响其口感和营养价值。