应当取钢钉的，未取钢钉伤情尚不稳定，需要取出后再进行鉴定；不需要取钢钉的，伤情相对稳定或者停工留薪期满，即应进行劳动能力鉴定。因此，不存在取出还是不取出等级高的问题。《工伤保险条例》第二十一条职工发生工伤，经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定。
工伤评残应该由公司办理，因为工伤评残是与工作相关的，公司需要为员工提供工作安全保障和保险福利，而工伤评残是其中的一部分。
公司应该负责处理员工的工伤事宜，并帮助员工申请工伤赔偿和评定工伤残疾程度。
如果员工自己去处理工伤评残，可能会面临繁琐的手续和拖延的时间，而且不一定能够得到公正的评定结果。因此，公司应该为员工提供帮助和支持，确保员工的权益得到保障。
根据相关法律法规规定，进行工伤做伤残鉴定是需要签署协议的。协议内容包括鉴定机构、鉴定时间、鉴定费用、鉴定标准等，双方在协议中应确保权益合法合理并达成一致。
签署协议是保障整个鉴定过程有效进行的前提条件，也是对双方权益的保护和责任分担的明确。