新农合是交给县级财政部门管理的。具体来说，县级财政部门会负责筹集和管理新农合基金，同时监督和指导基层医疗保障机构的运营和管理工作。
这样的安排旨在确保基金的合理使用和医疗保障政策的有效实施，同时也能够加强对基层医疗服务的监督和支持，从而更好地满足农村居民的医疗保健需求，提高基层医疗服务水平，保障农村居民的健康权益。
新农合和新农保全称为新型农村合作医疗,新型农村社会养老保险。
新型农村合作医疗,是指由政府组织、引导、支持,农民自愿参加,个人、集体和政府多方筹资,以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。2016年年初,原新农村合作医疗保险与原城镇居民医疗保险合并为城乡居民医疗保险统一实施,城乡居民医疗保险不再区分当事人户籍性质。
新型农村社会养老保险是以保障农村居民年老时的基本生活为目的,由政府组织实施的一项社会养老保险制度,是国家社会保险体系的重要组成部分。
新农村合作医疗制度，简称新农合，是由农村居民个人和政府共同缴纳的医疗保障基金所组成的医疗保险制度。该基金由县级财政部门进行管理和监督，确保基金的合理使用和保障农村居民的医疗卫生权益。各地的县级财政部门都会设立专门的机构来负责新农合基金的征收、管理和分配。因此，新农合基金的管理单位是县级财政部门，在各地政府的领导下，确保农村居民的医疗保障需求得到有效满足。