南山区线下办理港澳通行证的流程如下： 携带有效身份证件（身份证、护照等）、近期免冠彩色照片（2张、2寸）、户口簿、填写完整的《港澳通行证申请表》到南山区公安分局户籍科（地址：深圳市南山区桃源街道松坪西路97号）提出申请。
港澳通行证续签方法：
一是通过自助机进行续签，携带身份证、港澳通行证、银行卡(储蓄卡)，到当地各大自助签注机办理续签即可；
二是提前网上预约后，携带相关材料到现场的办理窗口进行续签，办理后可选择窗口领取证件或EMS邮寄。
如果是第二代卡式的，可以直接在出入境大厅的自助机上办理续签，如果是旧的本式的港澳通行证到期续签需要以下流程：
1、需要重新照相，重新填表申请:
2、带上照片(带条行码的那种)和旧港澳通行证，身份证和户口本:
3、需要本人亲自到户口所在地的县（区）级以上出入境大厅办理（不能代办）:
4、港澳通行证续签办理，一般需要缴纳20元的签证费用（一次签注20元）。
【法律依据】
《居民身份证法》
可以到出入境管理局进行挂失
有时候不小心忘记自己的港澳通行证卡放在哪里或者丢失，这个时候不用紧张，带上自己的身份证到出入境管理局进行挂失，填写相关文件进行补办就可以了。